反恐怖学院是具有鲜明公安特色的专业学院。2014年6月，经云南省编办批准，云南警官学院在全国公安院校中先期成立反恐怖学院。目前，学院建有国内安全保卫、反恐警务2个本科专业。

      学院设置恐怖暴力犯罪侦查、反恐怖情报与防范、反恐怖法律与国际合作3个教研室；拥有专业教师14人，其中，教授3人，副教授4人，博士4人，硕士9人，硕士学位以上教师占92%；建有云南省法学会国家安全法律研究会、国家安全研究协同创新中心等研究平台。
      学院建有省级、院级反恐怖、国内安全保卫专业人才培养及创新团队，开设国内安全保卫概论、国内安全保卫法律法规、国内安全保卫情报、国内安全保卫专案侦查、反恐怖导论、反恐怖情报、反恐怖对策、反恐怖法律法规、反恐怖国际合作、危机处置与反劫持谈判、民族宗教与公安工作和国家安全概论等专业课程。
      近年来，学院完成《当前境外势力对云南边疆地区渗透的主要表现及对策研究》《云南边疆地区防范敌对势力分裂、渗透、颠覆活动机制研究》《云南反恐怖斗争形势分析及对策研究》《反恐怖斗争与国家安全和边疆稳定》等国家级、省部级、院级课题，参与了《云南省反恐怖主义条例（草案）》起草工作。《恐怖主义与反恐怖》《反恐怖对策》《民族宗教与公安工作》等专业教材被评为云南省高等学校精品教材，获得公安高等教育（部级）优秀教学成果奖；《反恐怖对策》课程团队获云南省教育厅主办的“首届全国高校教师教学创新大赛云南赛区比赛暨第四届云南省高校教师教学大赛”特等奖和教学活动创新奖。
      学院承担培养、培训维护国家安全专门人才的任务。为国内培养输送具备良好的政治思想素质和职业道德修养，忠诚可靠、业务过硬、实战能力强，具有综合运用法律实务知识、警察职业基础知识和国内安全保卫、反恐警务专业知识，从事维护国家安全工作的应用型人才。